Tvoří je hranatá, méně často, kulatá nádoba, která je uvnitř rozdělená na různý počet komor (3 - 5), které jsou mezi sebou propojeny zdvojenými přepážkami. Protože musí být dodržena zásada, že filtrujeme zdola nahoru, do každé komory přitéká voda vždy zespodu, ale odtéká z ní horním přepadem. Jednoduchá konstrukce přepážek zajistí to, že voda protéká jednotlivými komorami filtrů jakousi vlnovkou, takže je přinucena prostupovat několikrát (podle počtu komor) přes různé materiály. Ty potom buď zachytávají větší částice a zbytky, nebo zajišťují plochu pro bakterie. I první komora je plněna vodou zespodu, a naopak z poslední komory odtéká voda zpět do jezírka vždy horním přepadem.

Nad dnem komorových filtrů je vložena filtrační mřížka, která jednak zajišťuje, že filtrační materiál neleží v nasedimentované vrstvě kalu, a pak drží tyto materiály nad vtokem vody do komory.

Součástí komorových filtrů bývají často tzv. vortexy, do kterých vtéká voda z jezírka nejdříve. Vortex, neboli odstředivka, je kruhová nádoba (válec), do níž je voda přivedena souběžně s její stěnou, čímž se roztočí a těžší částice sedimentují odstředivou silou na jejím dně. Vortex opouští voda středovou trubkou ukončenou těsně pod hladinou. Tím, že voda vstupuje středem sloupce a vystupuje přepadem nahoře, dochází při rotaci k usazování i velmi jemného kalu, bahna, což jiné typy filtru neumí. V horní části vodního sloupce vortexu bývá umístěn plástvový předfiltr, který zpomaluje točení a výrazně zvyšuje účinnost usazování nečistot. Při průtoku vody předfiltrem se na jeho stěnách zachycují menší částice, které by jinak přecházely do následujících komor filtru. Přidanou hodnotou předfiltru je i zvětšení celkové plochy o biologickou část filtrace vody. Samostatné vortexy se s úspěchem dají použít i pouze jako předfiltry pro mechanické čištění od hrubých nečistot.

Mezi nejkvalitnější komorové filtry patří Tripond, tělo filtru je ze silného odolného laminátu. Tyto filtry jsou na většině našich realizací.