Organický odpad by však neměl být v jezírku ani během teplé části roku, a to stejné platí i pro filtraci. Pravidelné čištění filtru od hrubých nečistot patří k základním podmínkám fungování celého jezírka. 

Proč vlastně musí organický materiál pryč z jezírka a filtrace? Nerozložily by ho snad postupně bakterie? Spousta firem přece buduje v jezírku štěrkové, pískové, kořenové a různé jiné filtry, které ani není možné čistit, případně staví jezírka bez spodního sání, což znamená, že nečistoty na dně nebo ve štěrku zůstávají. Občas se také setkáte s názorem, že filtr se čistí pouze 1x ročně, atd. 

To ale není správně. Vysvětlíme si proč. Mimo toho, že organické zbytky podporují růst řas a že by jejich nános na filtračních materiálech znemožnil fungování biologické části filtrování vody, je tu ještě další důvod, proč držet jezírko bez navrstvených usazenin. 

Pro jezírka existují dva hlavní typy bakterií. Oba zahrnují spoustu druhů a liší se od sebe zaměřením na jiný druh „potravy“. 

Bakterie heterotrofní

Kmeny těchto bakterií jsou schopny zpracovat pouze organické látky. V jezírku je nalezneme ve štěrcích, v usazeninách na dně, v záhybech špatně položené fólie, v zahnívajících částech rostlin, v partiích jezírka, kde neproudí voda, v pravidelně neproplachované filtraci, prostě všude tam, kde najdou dostatek hmoty, kterou mohou rozkládat. Heterotrofní bakterie přestávají být aktivní při teplotě vody pod 4,5 °C, životního optima dosahují při teplotě vody 15,5 °C.

Bakterie autotrofní

Tyto druhy nejsou schopny využít nic z organického odpadu, ale rozkládají pouze chemické látky. Právě tyto bakterie zajímají jezírkáře, protože odstraňují z vody čpavek, dusitany, dusičnany a ostatní látky. Cílem je mít autotrofních (přátelských) bakterií co nejvíce. 

Proč se dají heterotrofní bakterie označit, z pohledu fungování jezírka a chovu ryb v něm, za rizikové? Důvod je v jejich „potravě“. Některé druhy heterotrofních bakterií se spokojí pouze s mrtvým organickým odpadem, ale ve velkém množství kmenů jsou také bakterie, kterým nezáleží na tom, jestli je potrava mrtvá nebo živá. Pokoušejí se napadnout a zpracovat i molekuly živé organické hmoty, která je v dosahu - ryby. Testují jejich imunitní systém, jak uvnitř, tak na povrchu těla a čekají na svou příležitost. Je-li ryba v dobré kondici s dobrou imunitou, ubrání se. Při oslabení, z jakýchkoliv důvodů (zima, špatné podmínky, kvalita vody, teplotní či jiný šok, atd.), se může stát, že nebezpečné bakterie rodů Aeromonas (hydrophila, salmonicida, veronii) nebo Pseudomonas překonají obranu a díky jejich schopnosti se velmi rychle množit, zaplaví organismus hostitele.

Patogenní bakterie

Patogenní bakterie číhají téměř v každém jezírku a je jen na naší péči a dobrém imunitním systému ryb (což spolu úzce souvisí), jestli dostanou šanci. Abychom omezili počet těchto bakterií, a tím i možnost vzplanutí nákazy na minimum, je dobré mít všechny druhy heterotrofních bakterií pod kontrolou a stěžovat jim podmínky pro výskyt a růst co nejvíce. Mrtvý organický materiál v jezírku nebo filtraci totiž umožňuje přežívání všem druhům heterotrofních bakterií včetně těch patogenních.

Dno i stěny jezírka bez větších nánosů, pravidelné čištění filtrace, uvolňování usazenin z potrubí a hadic jsou nejlepší prevencí proti vzniku bakteriálních onemocnění nejen koi, ale i ostatních druhů ryb.